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講演要旨
病理診断は、形態的な評価から客観性・再現性の高いモダリティーである次世代シークエンサー(NGS)の登場により大きな変化を来した。ホルマリン固定パラフィン包埋 (FFPE)組織から抽出した核酸（DNA, RNA）を利用したNGS解析はスタートの核酸量が 少なくても解析可能である。加えてFFPE試料は過去の希少な症例や多数症例の解析には適していること、組織学的な診断を踏まえたheterogeneity等の領域性やマルチサンプリングが可能である等の利点がある。一方、核酸の質は固定化のプロセスや経年などにより多くの修飾を受けており、NGS解析への制約や解析結果へのバイアスとなる。
本講演では、FFPE由来核酸の抽出方法、質的評価とその基準、限界と様々なDNA, RNA解析の実臨床での実際について供覧する。またFFPEに起因するシークエンスエラーを除去するパイプラインについても概説したい。
ご経歴
2004年 慶應義塾大学医学部病理学教室 医学研究科博士課程修了
2004年 慶應義塾大学医学部病理学教室 助教
2008年 米国スタンフォード大学医学部 幹細胞再生医学研究所
Irving L Weissman研究室 博士研究員
2010年 国立がん研究センター 中央病院病理診断科・研究所分子病理分野（現職）
講演要旨
ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）により保存された組織検体は、組織の固定法やその保管期間・条件によって組織中のDNAに断片化等の品質低下が発生するため、次世代シーケンス（NGS）の測定において十分な情報、解析結果が得られない場合がある。また採取手法によっては、核酸品質だけでなく抽出量（総量や濃度）も微量になることもFFPE検体を扱う際の注意事項となる。そのため、FFPEを扱う際には抽出されたDNAとRNAの品質を正確に評価するだけでなく、得られたシーケンスデータや解析データからデータ自体の品質を逐次確認していくスキームが必要となっている。
本講演では、FFPE検体対象の全ゲノムシーケンス用や全トランスクリプトーム用のNGSライブラリー試薬の解析例や性能評価結果に基づき、多様なFFPE検体や解析目的にあわせたNGSライブラリー試薬の選び方などを紹介する。また、我々の施設での、年間で数千規模のFFPEライブラリー作製とそのシーケンス解析を行う中で蓄積してきた核酸品質検定、NGSライブリー作製、シーケンスデータ・解析データ取得の各工程における品質評価について、FFPE検体由来DNAで特に問題となる総量微量（核酸Input量不足）、断片化や化学修飾による品質低下が実際にゲノムシーケンスやトランスクリプトームの最終結果にどのように影響するのかを解説する。
ご経歴
1986年 3月 名古屋大学大学院農学研究科博士（前期課程）修了
1986年 4月 宝酒造株式会社入社
1989年 4月 京都大学ウイルス研究所受託研究員（出向）(1991年3月まで)
1993年 4月 株式会社エイチ・エス・ピー研究所（副主任研究員）
1995年 4月 奈良先端科学技術大学院大学遺伝子教育研究センター 助手
2001年 4月 ドラゴン・ジェノミクス株式会社プロジェクトマネージャー
2002年10月 （合併により）タカラバイオ株式会社ドラゴンジェノミクスセンター次長
2003年 4月 タカラバイオ株式会社ドラゴンジェノミクスセンター 副センター長
2005年 4月 タカラバイオ株式会社DNA機能解析センター 副センター長
2006年 4月 タカラバイオ株式会社細胞・遺伝子治療センター 主幹研究員
2006年 9月 博士学位（バイオサイエンス）（奈良先端科学技術大学院大学）
2009年 4月 タカラバイオ株式会社ドラゴンジェノミクスセンター長
2011年 6月 タカラバイオ株式会社執行役員ドラゴンジェノミクスセンター長
2013年 2月 タカラバイオ株式会社執行役員バイオ研究所長
2014年 4月 タカラバイオ株式会社執行役員ＣＤＭセンター長
2015年 4月 タカラバイオ株式会社執行役員受託開発部・バイメディカルセンター担当
2017年 4月 タカラバイオ株式会社執行役員バイメディカルセンター長
2018年 4月 タカラバイオ株式会社執行役員製造第1部長
2021年 4月 タカラバイオ株式会社執行役員開発本部長 兼技術研修センター長
2022年 4月 タカラバイオ株式会社執行役員遺伝子解析センター長
2004年 4月 関西学院大学理工学部生命科学科非常勤講師
（バイオインフォマティクス）(2006年3月まで)
2011年 7月 鹿児島大学連合大学院客員教授（2015年3月まで）
2013年 4月 長浜バイオ大学大学院客員教授
2021年 4月 大阪大学国際共創大学院学位プログラム推進機構
卓越大学院プログラム事業 生命医科学の社会実装プログラム部門招へい教員
2022年 5月 立命館大学超創人財育成プログラム学外メンター教員
2022年 6月 公益社団法人農林水産・食品産業技術振興協会理事
講演要旨
ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）検体保存法は、病理組織診断のための保管方法として一般的に使用されている。FFPE検体は室温下でも長期保管が可能なため多くの病院や研究機関で診断後も保管されている。近年、FFPE検体を用いたゲノミクス解析やプロテオミクス解析が報告されており、保管されている膨大な臨床検体の利活用に注目が集まっている。しかし実際には、FFPE検体から抽出される核酸（DNA/RNA）量が少ない、高度に分解が進んでいる、さらには脱アミノ化など固定化プロセスによる化学的なダメージを受けているなど、ゲノム解析のための実験において多くの困難がある。そこで、本セミナーではFFPE組織切片から抽出される核酸（DNA/RNA）に適した次世代シークエンス（NGS）解析、とりわけ発現解析（RNA-seq）と全ゲノム解析（Whole Genome Sequencing）のための実験手法について概説する。
ご経歴
2004年 九州大学 大学院理学研究科 博士課程修了 （理学博士）
2004年 九州大学 生体防御医学研究所 遺伝情報実験センター
2006年 ペンシルバニア州立大学 ゲノミクス・バイオインフォマティックスセンター
2010年 沖縄科学技術大学院大学 リサーチサポートディビジョン
DNAシーケンシングセクション
2018年 第一三共RDノバーレ株式会社
講演要旨
遺伝子パネル検査は、診断のための分子分類や、治療法選択のために広く用いられている。この遺伝子パネル検査は、次世代シーケンサー(NGS)などの解析機器の進歩や、新たな技術、データベースの進歩などによりがん関連の400~500遺伝子または全エクソン領域を標的とした解析が主流となり、私がNGSを使用し始めた10年前とは大きく様変わりしている。当時は、ホルマリン固定パラフィン包埋検体(FFPE)からDNAを抽出しNGSにかけただけで、技術論文や学会発表されていた。つまりFFPEはもともと多遺伝子解析に耐えうる核酸が得られなないというのが常識であったが、今は高品質高収量でFFPEから核酸抽出できる試薬キットが多数存在する。よってむしろ問題となるのは、プレアナリシス段階である組織の固定が適切におこなわれていない場合である。当院の病理学講座の解析事例を用いてFFPEをパネル検査に用いる利点紹介する。
ご経歴
平成16年4月 北里大学大学院医療系研究科医科学修士課程 入学
平成18年3月 北里大学大学院医療系研究科医科学修士課程 修了
医科学修士号取得 北里大学
令和 4年5月 鹿児島大学大学院 医歯学総合研究科
医学博士 鹿児島大学
平成19年7月 北里大学生命科学研究所 熱帯病研究センター 研究員
平成21年4月 社会医療法人北斗 北斗病院腫瘍医学研究所 研究員
平成30年2月 鹿児島大学大学院 医歯学総合研究科 腫瘍学講座
病理学分野 特任研究員
平成30年1月 鹿児島大学病院 ヒトゲノム遺伝子解析センター検査責任者
令和 4年9月 鹿児島大学病院 腫瘍センター 特例助教
業績
第29回 黒住医学研究振興財団 研究助成
免許・資格
臨床検査技師免許証取得 厚生省
細胞検査士資格認定証取得 日本臨床細胞学会
International academy of cytology 国際細胞学会
講演要旨
近年、次世代シーケンシング (Next-Generation Sequencing: NGS) による網羅的な遺伝子解析は、基礎研究のみならず、がんの治療方針決定のためのコンパニオン診断や、がんゲノム医療において必須となっている。がん診療におけるNGS解析では、患者の病理組織や血液が用いられるが、これらの臨床検体は、解析サンプルとして必ずしも適した状態ではないこともある。治療法を選定、あるいは探索するための遺伝子解析で検体不適による解析エラーが生じることは、患者にとって多大な不利益となる。ここでは、病理組織を用いた遺伝子解析を成功させるための、検体側の注意点や、核酸抽出の段階における操作上のポイントについて解説する。
ご経歴
博士（情報学）、博士（医学）
1991年 京都工芸繊維大学繊維学部応用生物学科卒業
1991年 大日本印刷株式会社技術部
1995年 筑波大学社会医学系
1997年 茨城県立医療大学医科学センター
2001年 日本大学医学部病理学教室
2013年 日本大学医学部病理学分野助教
2019年 日本大学医学部病態病理学系腫瘍病理学分野准教授
大藤努氏
サーモフィッシャーサイエンティフィック ライフテクノロジーズジャパン株式会社
遺伝子解析ソリューション事業部 クリニカルシーケンシング部
テクニカルセールスマネージャー
講演要旨
近年、悪性腫瘍の治療選択のためのNGSによる遺伝子検査が普及しつつありますが、その検査対象である組織検体は主にFFPEサンプルスライドになります。
FFPEスライドからの核酸抽出において、手術検体では、組織量も多いことから、核酸量とともに腫瘍含有量を確保することは比較的容易ですが、EVUS―TBNAなどの微量な生検検体では、採取回数などを増やして核酸量を確保する必要があります。
今回は、生検検体における腫瘍含有率の高い核酸を確保するための手法として、LCM（レーザーキャプチャーマイクロダイセクション）の活用をご紹介いたします。
野村守氏
キコーテック株式会社 事業開発部 プロダクトスペシャリスト
講演要旨
アキュリフトシステムは組織微小環境における空間生物学ワークフローを提供する、クラウドベースのプラットフォームを活用した、ユニークな空間生物学プロファイリングシステムです。レーザーソースに赤外線とUVを搭載し、シングルセルレベルから組織形態まで高精細な切り出しが可能です。切り出した組織片は1平方mmあたり1,000個のGeckoGripを配置したマイクロキャプチャテクノロジーにより確実に捕捉され、回収されます。核酸抽出試薬なども併せて提供し、個別化・精密医療を加速する研究者や病理医のニーズを満たします。セミナーでは抽出核酸のサイズセレクションシステムについても紹介します。
齋藤るみ子氏
アジレント・テクノロジー株式会社 診断・ゲノミクス部門
フィールドアプリケーションサイエンティスト
講演要旨
ホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）組織は、室温での長期保管や繰り返しの検査や解析を可能とします。希少な腫瘍組織などでは、FFPEが唯一の検体であることも少なくはなく、病理診断のみならず研究における利用も加速しています。しかしながらFFPE検体は、その作製工程から断片化など検体の核酸品質に関する課題も多く、解析結果に影響を与えることが知られています。この度のプレゼンテーションでは、FFPE検体からの遺伝子解析を可能としたライブラリー調製キットならびに確実で再現性の高いアッセイ結果をもたらす自動化プラットフォームをご紹介いたします。
翁侑史氏
エムエス機器株式会社 バイオセールスグループ
講演要旨
FFPEサンプルを材料とした疾患関連研究が盛んに行われており、その範囲はバイオマーカー探索からゲノム診断まで広範に及んでいる。様々な研究に貢献しているFFPEサンプルではあるが、サンプルの状態や作業者の手技によっては解析に必要な収量や品質を担保できないケースもある。そのため核酸やタンパク質抽出手法の簡略化や標準化、その効率化が期待されている。本講演では、FFPEサンプルから高品質なDNAとRNAを同時に抽出できるCovaris社超音波処理技術と試薬キットについてデータを交えて紹介していく。Covaris社独自の超音波照射技術AFA®は核酸の断片化などで既に広く使用されているが、近年ではFFPEサンプルからの核酸やタンパク質抽出にも使用されている。超音波照射によりFFPEサンプルの再水和と脱パラフィンを同時に行う本抽出手法は簡便であり、収量や品質の面でも良好な結果が得られている。また本技術はプレートハンドラーやリキッドハンドラーを用いた自動化にも対応しているため、日頃からFFPEサンプルを扱っている方はもちろん、自動化を検討中の方にも参考になれば幸いである。
中務弘基氏
ロシュ・ダイアグノスティックス株式会社 プロフェッショナル本部
がんゲノム医療が開始され、FFPEからの核酸抽出はこれまで以上に脚光を浴びることになりました。感度をあげるためには腫瘍含量が重要であることは言うまでもないことですが、そのためのダイセクション操作はマニュアルが主流であり、コンタミネーションや作業記録管理の観点からルーチンとして行うには負担が大きいことが現状でした。 本講演では、新しいタイプのFFPE組織ダイセクション装置であるアベニオ Millisectをご紹介いたします。特殊な構造のチップでFFPE組織上の目的領域を物理的に削り取ると同時に、チップ内部へ回収する機構を採用することで、ダイセクション検体の損失やコンタミネーションを回避し、確実に腫瘍含量を高めることが可能になります。
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